Alergie se může projevovat celou řadou příznaků, jako základní dělení by se mohlo použít, jakým způsobem s alergenem jedinec přijde do styku. Nejrozšířenější skupinu tvoří alergie na pyly, roztoče či plísně, jenž se do těla dostávají vdechnutím. Zde je nutné rozdělit obtíže na dvě linie. Méně náchylní pacienti na zvýšenou hladinu alergenu v nosní dutině reagují záchvatovitým kýcháním spojeným se svěděním. Alergen přenášený vzduchem, zejména pak pyl se snadno dostává i do očí. Ty na podráždění reagují zarudnutím, zvýšeným slzením a pocitem pálení. Záchvatovité kýchání může být při větší koncentraci alergenu posléze doplněno o vodnatou rýmou. Druhou linii pacientů tvoří lidé, u nichž se vyvinula tzv. chronická rýma. Ta bývá typická spíše u alergenu, s nimiž se setkáváme celoročně, což nakonec vede k zánětlivému procesu nosní sliznice. Ta je poté oteklá a tvoří se na ni hustý hlen, který ucpává nos a nutí nás dýchat více ústy. Krom pocitu ucpaného nosu se může dostavit bolest hlavy a potíže se spánkem
Vážnějším příznakem alergie je průduškové astma. Při něm dochází k neinfekčnímu zánětu, který se projevuje otoky sliznice a nadměrnou tvorbou hlenu. To se projevuje ztíženým dýcháním, dušností se slyšitelným sípotem při výdechu, pocitem tíže na hrudi a suchým kašlem. Objevení či zhoršení některého či i více příznaků je často spojené s větší námahou, emocemi a přímím kontaktem s alergenem.
Přítomnost alergenu v organismu se často projevuje i na samotné kůži. Ta zastává funkci vylučování všech nebezpečných látek, přičemž dochází na jejím povrchu k reakci projevující se ekzémem, vyrážkou či kopřivkou. U jedinců s genetickými předpoklady se může objevit i tzv. atopický ekzém. Zpravidla se s ním setkáváme již u velmi malých dětí, u nichž se začínají objevovat suchá, šupinatá ložiska způsobena nesprávnou funkcí mazových a potních žláz. Kůže má navíc sníženou schopnost vázat vodu, čímž je pokožka vysušena a svědí. Nutkání postižené místo škrábat posléze narušuje již takto oslabenou ochrannou bariéru a kůže je náchylnější k virovým, bakteriálním a plísňovým infekcím.
Nejzřetelnější a mnohdy i nejzávažnější následky mívá alergie na potraviny a hmyzí jed. Po pozření nevhodné suroviny se můžeme setkat s potížemi vyvolanými otoky sliznice, nevolností, zvracením, průjmem, silnými bolestmi břicha. Vážným rizikem je otok kořene jazyka či hrtanu, jenž by způsobil ucpání dýchacích cest. U bodnutí hmyzem se jeho jed dostává přímo do krevního řečiště a krom nápadných otoků může zapříčinit i stažení dýchacích cest, tachykardii, křeče břicha, snížení krevního tlaku. Silná alergická reakce může vést až ke ztrátě vědomí a přímému ohrožení na životě.